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求助:透明质酸链进行能量最小化时环断裂

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发布时间: 2024-1-3 13:07

正文摘要:

各位老师好,我在做透明质酸链的MD模拟时,使用2BVK中的4个透明质酸阴离子的核磁结构进行了量化计算(优化使用b3lyp/def2svp,计算单点使用M062X/ma-TZVP(-f)),将得到的结果分为四种残基,端基氧(DJO)、氮环(N ...

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soft 发表于 Post on 2024-4-11 11:06:06
你好,可以请教一下问题怎么解决的吗
jamesl 发表于 Post on 2024-1-4 10:24:59
sobereva 发表于 2024-1-4 10:04
我没时间细看,http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里提到一种情况倒是可以试试

好的,谢谢sob老师,我去看看
sobereva 发表于 Post on 2024-1-4 10:04:07
我没时间细看,http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里提到一种情况倒是可以试试
发现是磺酸基上的氢在一瞬间跑到距离氧很近的地方去了。分析发现是由于这个基团上的氢带的电荷很正,氧的电荷很负,它们彼此间有1-4静电作用项因此有很强的静电吸引,再加上氢的质量很小、很容易运动,导致了上述看到的问题。像这种情况,可以把1-4作用项去了(从[ pairs ]中删除对应的),也可以把氢改成质量更大的重氢(在[ atoms ]里改原子质量)减缓其运动,或者用很小的模拟步长。

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