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注意看此文 数值误差对计算化学结果重现性的影响 http://sobereva.com/88 把不同次数模拟的轨迹叠加显示以搞清楚蛋白质结构差异在哪、离子/配体位置是否存在明显差异等，由此思考这是动力学混沌性带来的合理现象还是哪里处理不当，绝对别光看RMSD曲线凭空去猜 自觉交代清楚贴的图里的信息，红线和黑线指什么都不说 mdp没显著问题。如果金属离子是一直与蛋白质结合的，更建议纳入到蛋白质的控温组里 |
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