GROMOS描述小分子自组装也没啥明显问题，金的电荷设为0是可以的。文献中的参数是很合理的，所以转化单位后在gmx使用，不用冻结金棒的。

但我早都改投精度更好的amber+gaff力场了。

你试试用gaff力场描述小分子，用RESP电荷，金用下面的参数，水用opc3。

#metal       sigma(nm)    epsilon(kJ/mol)
   Au     0.262904212    22.133360000


如果还有问题，大概率就是你初始画的小分子结构式不合理，或者.top文件中，各成分出现的顺序不一致

牧生 发表于 2024-1-15 07:17
1. 再增加200ps模拟时间；      //没啥用
2. 时间步长从1 fs增加到2 fs，直接报错说体系内有不合理接触；  ...

谢谢回复！
小分子力场用的GROMOS54a7，电荷用的是力场自带的电荷。金棒的力场用的是文献里给的（按照当时上sob老师的课进行设置了），电荷是0。我觉得力场应该没有错（但也不确定GROMOS描述自组装合不合适），至于电荷，小分子电荷我正在换成RESP电荷试一下，金的电荷全部设为0也不清楚合不合理，感觉考虑金表面正负电荷分布很复杂，所以索性都设置成0了。

1. 再增加200ps模拟时间；      //没啥用
2. 时间步长从1 fs增加到2 fs，直接报错说体系内有不合理接触；  //约束了氢键的话，是可以2 fs的
3. 静电作用和范德华作用截断半径从1.2 nm增加到2.0 nm；   //1.2就可以了
4. 热浴对非金棒组的温度从298.15K 设置为 500K；   //直接298.15即可
5. 压浴对非金棒组的压力从1 bar 设置为2bar；    //1 bar也没问题
6. 压浴的耦合常数从2 ps 设置为0.5 ps；   //  2也没问题
7. DispCorr从Enerpres改为no   //Enerpres  是合适的


可能的原因：
1. 金棒的参数不合理，或者有力场混用的可能
2. 这个体系直接用NPT是非常合理的，但出现真空就不合理了。具体原因我也没看出来。
3. 小分子的参数不合理。