求助：金属配合物能量最小化报错

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发布时间: 2024-1-16 14:50

各位老师好，我需要模拟蛋白质和多酚-Cu2+配合物的体系，能量最小化阶段报错，查看能量最小化后的结构，发现多酚分子上的键发生了错配。重新使用Gaussian对配合物做了优化加振动分析，计算RESP电荷，并使用sobtop生 ...

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芮啦 发表于 Post on 2024-1-16 18:00:41

snljty2 发表于 2024-1-16 17:16
你这个pdb咋都没有CRYST1字段记录的晶胞参数，但是mdp里面又指定了pbc=xyz。

谢谢老师，这里的pdb文件是Gaussview中画的结构，Gaussian优化后得到的.out文件另存的.pdb文件

snljty2 发表于 Post on 2024-1-16 17:16:55

你这个pdb咋都没有CRYST1字段记录的晶胞参数，但是mdp里面又指定了pbc=xyz。

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