关于同源二聚体间定义二硫键的问题

查看数: 1401 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-1-20 15:28

在使用gromacs时想对同源二聚体定义二硫键，但发现对应的巯基在两条链的itp中序号都为904，我该如何在top文件中添加Bond的定义，如果采用对应gro文件中的编号，就会报错超出键的范围，请教各位该如何解决。 ERROR 1 ...

回复 Reply

MengJiangnan 发表于 Post on 2024-1-22 13:30:08

喵星大佬发表于 2024-1-22 09:58
只能看成一条链，pdb2gmx的二硫键只能在同一个[ moleculetype ]之内设置

好的好的，谢谢大佬

喵星大佬 发表于 Post on 2024-1-22 09:58:06

MengJiangnan 发表于 2024-1-22 08:11
merge的话会让我的两条链看作一条链，我在vmd上看他直接是少了1/4的结构啊

只能看成一条链，pdb2gmx的二硫键只能在同一个[ moleculetype ]之内设置

MengJiangnan 发表于 Post on 2024-1-22 08:13:38

MengJiangnan 发表于 2024-1-22 08:11
merge的话会让我的两条链看作一条链，我在vmd上看他直接是少了1/4的结构啊

但是pymol却是显示的，是否应该以gro文件坐标为准？

MengJiangnan 发表于 Post on 2024-1-22 08:11:06

喵星大佬发表于 2024-1-20 15:51
你直接pdb2gmx的时候 -merge 设置就好了

merge的话会让我的两条链看作一条链，我在vmd上看他直接是少了1/4的结构啊

喵星大佬 发表于 Post on 2024-1-20 15:51:24

你直接pdb2gmx的时候 -merge 设置就好了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register