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Multiwfn显示段错误,Segmentation fault (core dumped)

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发布时间: 2016-10-18 09:26

正文摘要:

我想做一个CDA,按照CH3NH2的例子处理自己的Donor-Acceptor的体系。Gaussian运行一切正常,然后formchk转换chk成fchk也没有问题。 但是用Multiwfn读入显示下面的错误: 分子的输入文件是: %nprocshared=10 %m ...

回复 Reply

wswrpd 发表于 Post on 2016-10-25 08:52:37
sobereva 发表于 2016-10-22 02:41
“手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条”写的是linux下直接用Multiwfn显示等值面,必须 ...

果然是这样,还得输出用VMD看
谢谢!!!!
sobereva 发表于 Post on 2016-10-22 02:41:52
wswrpd 发表于 2016-10-21 09:11
刚刚你说的必须用fchk的文件来做18分析,我也改正过来了,但作图的问题还是没有解决。
windows版的,我 ...

“手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条”写的是linux下直接用Multiwfn显示等值面,必须三个方向格点数相同。不相同的话你只能导出cube文件再用其它第三方可视化程序显示等值面。
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-21 09:11:15
sobereva 发表于 2016-10-21 08:29
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

刚刚你说的必须用fchk的文件来做18分析,我也改正过来了,但作图的问题还是没有解决。
windows版的,我当时使用wfn错误的读入来做18分析的,但激发态的显示看起来是正确的。。。。
_(:зゝ∠)_
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-21 08:46:23
sobereva 发表于 2016-10-21 08:29
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

sob 大大我除了第三章,还是好好看完1,2,4章的内容的。。一开始是弹出GUI的时候是什么都没有的,然后我点了left的按钮一下,就这样了
再怎么按都是这样。。。非常稳定的显示失败,以前没安装 libmotif4的时候连multiwfn都打不开的。。。我在想是不是libmotif4,安装的是不是不对,或者版本不对
sobereva 发表于 Post on 2016-10-21 08:29:58
wswrpd 发表于 2016-10-21 07:43
所以目前我需要重新安装新系统咯 _(:з」∠)_  ,另外虽然我的“大分子”可以正常读入和计算了(偶极矩和 ...

看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条
sobereva 发表于 Post on 2016-10-21 07:13:47
wswrpd 发表于 2016-10-21 07:01
sob大大,你说明书里的方法都不能解决我ubuntu的问题,但我自己通过各种咨询找到了一个简单的解决方法
...


所以说,我特讨厌ubuntu。RHEL/CentOS的stacksize默认就是unlimited。搞计算的就不要用ubuntu。我手册里的linux安装过程也不考虑ubuntu的情况。
KMP_STACKSIZE和这个stacksize完全是两回事,不会不认前者的。
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-21 07:01:52
sobereva 发表于 2016-10-19 05:25
本身载入你这种大小的fch文件其实用不了多少内存,windows 32bit版都够
Linux版一定要按2.1.2节的方式进行 ...

sob大大,你说明书里的方法都不能解决我ubuntu的问题,但我自己通过各种咨询找到了一个简单的解决方法
使用 ulimit -s unlimited 的命令,当然也可以把它加入 ~/.bashrc 从而永久有效,然后我的大文件就能读入了,这个命令就是让堆栈大小不受限制,应该等价与你说明书里的KMP_STACKSIZE
但是Ubuntu系统似乎不认KMP_STACKSIZE这个东西。

然后果然基于linux的运行起来飞快,显示分子轨道,格点计算都比windows的快多了!
本人系统 ubuntu 14.04, ulimit -s unlimited 一个命令包治百病 ,希望可以加入下一版的说明书里造福ubuntu的用户们
978142355 发表于 Post on 2016-10-20 08:15:33
wswrpd 发表于 2016-10-20 01:32
Windows的确实勉强可以,但是果然好慢。。。
是师兄,论坛的个人资料还是改过的。祝你科研顺利

师兄头像太卡哇伊~也祝你科研顺利O(∩_∩)O~
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-20 01:32:02
978142355 发表于 2016-10-19 23:33
哦,那就难怪了,国外应该没这东西。不知是博士师兄还是师姐,好好修改修改内存,不行就加几个内存条吧。 ...

Windows的确实勉强可以,但是果然好慢。。。
是师兄,论坛的个人资料还是改过的。祝你科研顺利
978142355 发表于 Post on 2016-10-19 23:33:40
wswrpd 发表于 2016-10-19 23:31
现在在国外,刚刚PHD第三年,所以觉得研究生阶段还要学政治太坑爹了
谢谢帮助!我试试修改内存了

哦,那就难怪了,国外应该没这东西。不知是博士师兄还是师姐,好好修改修改内存,不行就加几个内存条吧。PS:用windows直接跑也能跑出来,但是相比如Linux,速度相差远矣。
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-19 23:31:56
978142355 发表于 2016-10-19 23:27
嗯,没错就好,因为我确实是没做过这个东西,所以无法去评判自己做的是对还是错。LZ难道硕士一直是在国外 ...

现在在国外,刚刚PHD第三年,所以觉得研究生阶段还要学政治太坑爹了
谢谢帮助!我试试修改内存了
978142355 发表于 Post on 2016-10-19 23:27:10
wswrpd 发表于 2016-10-19 23:23
已经下过了,话说硕士生还要学英语和政治,太惨了

嗯,没错就好,因为我确实是没做过这个东西,所以无法去评判自己做的是对还是错。LZ难道硕士一直是在国外的?在天朝,别说硕士了,博士都得学政治和英语………………………………
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-19 23:23:23
978142355 发表于 2016-10-19 19:52
不知道做的对不对啊,反正是按照你说的操作的,这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八 ...

已经下过了,话说硕士生还要学英语和政治,太惨了
wswrpd 发表于 Post on 2016-10-19 23:19:26
978142355 发表于 2016-10-19 19:52
不知道做的对不对啊,反正是按照你说的操作的,这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八 ...

没错,因为分子体系太大又是共轭体系,LUMO附近轨道肯定很多,默认情况作图肯定会堆在一起,谢谢!!

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