使用IRI方法图形化未正确显示配位键

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发布时间: 2024-1-22 16:44

各位老师，我参照http://sobereva.com/598 处理了自己的金属Cu配位分子，使用的是orca_freq.molden，但是并未得到教程中所示的配位键，请问可能是什么原因呢？

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Azrael 发表于 Post on 2024-1-24 23:08:37

谢谢社长，我第一次用ORCA，也不清除freq怎么产生的fakechk.fchk，我深入学习下ORCA，再次跪谢！

sobereva 发表于 Post on 2024-1-23 20:01:00

Azrael 发表于 2024-1-23 09:32
这些是ORCA生成的一系列文件，我试了fakechk.fchk报错，试了orca_freq.gbw和orca_freq.molden.input一样的 ...

完全不知道你说的fakechk.fchk是什么东西，不要不加描述就冒出来一个对别人陌生的名字

如果优化已经收敛了，VMD里适当调节IRI等值面数值看是否在配位键区域出现等值面

Azrael 发表于 Post on 2024-1-23 09:06:00

sobereva 发表于 2024-1-22 22:45
ORCA根本就不会输出后缀为.molden.out的文件，没有叫Mulfiwfn的程序

社长对不起，是orca_freq.molden.input和Multiwfn,我没有查证就按印象打得字，以后会仔细检查错别字。。。。。。

sobereva 发表于 Post on 2024-1-22 22:45:03

Azrael 发表于 2024-1-22 17:46
社长，非常抱歉，molden文件太大了，我重新阐述下产生该文件的过程
我构建了一个含有金属的配合物，在pymo ...

ORCA根本就不会输出后缀为.molden.out的文件，没有叫Mulfiwfn的程序

sobereva 发表于 Post on 2024-1-22 16:59:24

谁也不知道你说的orca_freq.molden是什么东西。仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

各个颜色对应什么元素说清楚，并且标注清楚哪里没显示出来

当前格点间距太大，图太糙，仔细看此文里关于格点质量的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

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