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计算离子化合物键解离能时如何考虑电荷、自旋多重度、极化函数、弥散函数和色散矫正

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发布时间: 2024-1-23 07:43

正文摘要:

本帖最后由 xxtnenu 于 2024-1-23 07:43 编辑 请问各位老师,我想计算图中化合物的N-S键的键解离能,溶剂为水。我的步骤是首先使用B3LYP/6-311+G*优化化合物及两个片段的结构,获得校正焓,再通过M062X/def2TZVP ...

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xxtnenu 发表于 Post on 2024-9-26 06:18:20
aff 发表于 2024-9-20 13:33
请问楼主最后计算片段时,片段的电荷和自旋多重度设置的是多少呢?

闭壳层阴离子,因此我计算时是-1 1
aff 发表于 Post on 2024-9-20 13:33:34
请问楼主最后计算片段时,片段的电荷和自旋多重度设置的是多少呢?
xxtnenu 发表于 Post on 2024-2-7 23:05:57
wzkchem5 发表于 2024-2-7 18:32
电化学计算,粗略的做法是假设电子转移没有能垒,也就是如果在一定电势下,一个电子转移反应的deltaG>0, ...

非常感谢老师的回复,谢谢老师
wzkchem5 发表于 Post on 2024-2-7 18:32:34
xxtnenu 发表于 2024-2-7 05:34
还请问老师,我当前实验的反应体系是利用阳极电化学氧化与NTF2-反应,学生拟通过推导结合高分辨质谱分析 ...

电化学计算,粗略的做法是假设电子转移没有能垒,也就是如果在一定电势下,一个电子转移反应的deltaG>0,那么活化自由能等于deltaG,如果deltaG<0,那么活化自由能等于0。
精细的做法是做恒电位的从头算分子动力学,比较麻烦,如果不要求算得很准的话按粗略做法就行了
xxtnenu 发表于 Post on 2024-2-7 12:34:22
wzkchem5 发表于 2024-2-6 03:36
用键级、电荷、静电势分析的前提是你已经知道键级、电荷、静电势是影响这个反应的主要因素。如果不知道的 ...

还请问老师,我当前实验的反应体系是利用阳极电化学氧化与NTF2-反应,学生拟通过推导结合高分辨质谱分析中间产物,同时通过dft计算完善反应路径,目前阅读文献后推测两种可能1.吸附到电极上发生直接电子转移,2.羟基自由基等ROS与该物质发生反应。在计算能垒时学生了解到情况2通过寻找反应过渡态TS并计算产物过渡态和生成物的吉布斯自由能即可,但情况一应该如何完成计算呢?还请老师指点,谢谢老师。
xxtnenu 发表于 Post on 2024-2-6 10:39:13
wzkchem5 发表于 2024-2-6 03:36
用键级、电荷、静电势分析的前提是你已经知道键级、电荷、静电势是影响这个反应的主要因素。如果不知道的 ...

收到,谢谢老师的回复
wzkchem5 发表于 Post on 2024-2-6 03:36:20
xxtnenu 发表于 2024-2-5 16:39
学生还想请教下老师,“因为不论电化学氧化还是自由基氧化,都不是纯粹通过研究键均裂来起作用的”,如何 ...

用键级、电荷、静电势分析的前提是你已经知道键级、电荷、静电势是影响这个反应的主要因素。如果不知道的话,分析结果是不可信的。
如果事先不知道影响这个反应的主要因素是什么,也没法通过文献类似体系去类比、猜测,那就只能把反应路径老老实实计算出来
xxtnenu 发表于 Post on 2024-2-5 23:39:41
wzkchem5 发表于 2024-1-23 23:05
判断体系大小,最准确的方式是用基函数数目,缺点是很难一目了然看出来一个分子有多少个基函数,所以对于 ...

学生还想请教下老师,“因为不论电化学氧化还是自由基氧化,都不是纯粹通过研究键均裂来起作用的”,如何判断反应发生或如何判断断键方式?能否通过计算键级\讨论键的成分原子的贡献\原子电荷分布\分子表面静电势进行分析?还是如您所说,我根据实验测得的降解产物,算自由能垒反应路径即可,不需要过多讨论上述内容。谢谢老师
xxtnenu 发表于 Post on 2024-1-26 23:11:22
wzkchem5 发表于 2024-1-26 17:52
我觉得最后还是实际把降解反应算一遍,算出reaction profile图。
预测反应位点之类的确实是有用的,可以 ...

收到,谢谢老师的耐心回复
wzkchem5 发表于 Post on 2024-1-26 17:52:40
xxtnenu 发表于 2024-1-24 23:58
老师您好,我还想请问一下,关于电化学氧化的降解机制研究,通过局部电子附着能或定量分子表面分析来预测 ...

我觉得最后还是实际把降解反应算一遍,算出reaction profile图。
预测反应位点之类的确实是有用的,可以指导你猜测这个体系会发生什么反应,但是实际算一下这个反应也不麻烦,至少算第一步不麻烦,用自由能垒说事,比用福井函数之类的要靠谱得多
xxtnenu 发表于 Post on 2024-1-25 06:58:23
wzkchem5 发表于 2024-1-23 23:05
判断体系大小,最准确的方式是用基函数数目,缺点是很难一目了然看出来一个分子有多少个基函数,所以对于 ...

老师您好,我还想请问一下,关于电化学氧化的降解机制研究,通过局部电子附着能或定量分子表面分析来预测化合物的反应位点,讨论降解过程发生的氧化还原反应是否是正确的思路呢?
xxtnenu 发表于 Post on 2024-1-24 02:10:00
sobereva 发表于 2024-1-23 23:27
这种体系这种问题没必要刻意加色散校正

收到,非常感谢老师的回复
xxtnenu 发表于 Post on 2024-1-24 02:09:46
wzkchem5 发表于 2024-1-23 23:05
判断体系大小,最准确的方式是用基函数数目,缺点是很难一目了然看出来一个分子有多少个基函数,所以对于 ...

非常感谢老师的回复,学生去看一下相关文献
sobereva 发表于 Post on 2024-1-23 23:27:33
xxtnenu 发表于 2024-1-23 22:16
谢谢老师的回复。

学生没有弄清楚轻原子的概念。学生将仔细阅读336博文。

这种体系这种问题没必要刻意加色散校正

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