你搞定了吗？我也遇到了这个问题，求教

有大佬写过代码，见（http://bbs.keinsci.com/thread-37992-1-1.html）

谢谢sob社长，我再研究下

循环每个锂，用VMD选择语句选择附近的原子，根据这些原子所属的残基号和残基名判断锂周围有几个、什么分子，根据类型进行计数就完了

有什么具体技术问题必须具体问。如果是想让别人给你写一个现成的完整的脚本，一般不会有人义务这么做。如果想自己写VMD tcl脚本但不会，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面对此有完整全面的讲授可以系统地学习。