求助，模拟体系出现混合溶剂分层现象

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发布时间: 2024-1-24 11:13

各位老师好，我用packmol去构建了PEG+水+核酸+离子的混合溶液盒子作为初始结构跑模拟，初始结构溶剂和离子分布都比较均匀，但是跑轨迹时，出现了一个问题，PEG和水，离子，核酸不混溶，离子在盒子的分布不均匀，我的 ...

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zhijiu 发表于 Post on 2024-1-25 10:56:28

sobereva 发表于 2024-1-25 04:37
除非模拟设置不合理，否则肯定是参数原因

先尝试跑PEG+水，看什么情况，如果能充分溶解，再尝试跑PEG+水 ...

好的，明白了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-1-25 04:37:57

除非模拟设置不合理，否则肯定是参数原因

先尝试跑PEG+水，看什么情况，如果能充分溶解，再尝试跑PEG+水+离子

如果发现离子参数不理想，可以尝试其它的，诸如KBFF等

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