丁越 发表于 2024-1-25 10:12 请问一下这个是什么原因呢 先试了gmx make_ndx -f npt.gro ，选择蒙脱石组 gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.xtc -n index.ndx -center 然后gmx trjconv -f traj.xtc -s nvt.tpr -pbc whole -o nvtpbc.xtc，gmx trjconv -f nvtpbc.xtc -s nvt.tpr -pbc nojump -o nvtpbc1.xtc ，gmx trjconv -f nvtpbc1.xtc -s nvt.tpr -pbc mol -center -o final.xtc还是不行最后又在final.xtc基础上试了gmx trjconv -f final.xtc -s nvt.tpr -o traj1.xtc -n index.ndx -center -pbc mol，最终得到如下图 |
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请问一下这个是什么原因呢 先试了gmx make_ndx -f npt.gro ，选择蒙脱石组 gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.xtc -n index.ndx -center 然后gmx trjconv -f traj.xtc -s nvt.tpr -pbc whole -o nvtpbc.xtc，gmx trjconv -f nvtpbc.xtc -s nvt.tpr -pbc nojump -o nvtpbc1.xtc ，gmx trjconv -f nvtpbc1.xtc -s nvt.tpr -pbc mol -center -o final.xtc还是不行最后又在final.xtc基础上试了gmx trjconv -f final.xtc -s nvt.tpr -o traj1.xtc -n index.ndx -center -pbc mol，最终得到如下图 |
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本帖最后由 牧生 于 2024-1-25 10:22 编辑 丁越 发表于 2024-1-25 10:12 谢谢，试了，这次看起来正常了 |
| 试试gmx trjconv -f npt.xtc -s npt.tpr -o traj.xtc -n index.ndx -center -pbc mol |
| 参与人数Participants 1 | eV +2 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 2 | 谢谢 |
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