求助：gromacs执行能量最小化命令报错如下怎么解决呢

查看数: 1142 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-1-26 20:32

ben.top和mix.gro文件已上传报错如下图十分感谢大家

回复 Reply

@LWS 发表于 Post on 2024-1-27 15:05:58

GREEN-HAND 发表于 2024-1-27 10:33
你这个只是苯的top文件，你还要先生成一个甲烷的itp文件然后放进去，然后在[ molecules ]字段下分别写上你 ...

好的谢谢

GREEN-HAND 发表于 Post on 2024-1-27 10:33:49

你这个只是苯的top文件，你还要先生成一个甲烷的itp文件然后放进去，然后在[ molecules ]字段下分别写上你的分子名和数量

@LWS 发表于 Post on 2024-1-27 10:17:06

对，是苯和甲烷的体系。老师，那就是在ben.top里加上苯和甲烷总共的数目吗

GREEN-HAND 发表于 Post on 2024-1-27 10:09:27

你这个体系里面不只有苯吧，好像还有甲烷，你要在top里添加上甲烷和苯的数量

@LWS 发表于 Post on 2024-1-27 09:30:48

好的，谢谢老师。那应该如何修改ben.top 里的分子数目呢

sobereva 发表于 Post on 2024-1-27 00:30:35

明显gro文件里的分子数和top里的[molecules]中的不对应

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register