sobereva 发表于 2024-1-28 03:00
gro文件最后一行是以nm为单位的盒子信息，都是0相当于盒子信息没定义
若没有盒子信息，自然gmx solvate没 ...

好的，谢谢老师

dayu8278 发表于 2024-1-27 22:38
你要是正确定义盒子尺寸，最下面应该是：
carbon
     5

好的，十分感谢

gro文件最后一行是以nm为单位的盒子信息，都是0相当于盒子信息没定义
若没有盒子信息，自然gmx solvate没法填充溶剂分子进去，因为此程序就是用来往盒子里的空白区域填充的

UTM 发表于 2024-1-27 21:59
用记事本打开，最下面就是盒子的尺寸。

你要是正确定义盒子尺寸，最下面应该是：
carbon
     5
    1MOL     C1    1  -0.009  -0.090   0.000
    1MOL     H2    2   0.026  -0.191   0.000
    1MOL     H3    3   0.026  -0.039   0.087
    1MOL     H4    4   0.026  -0.039  -0.087
    1MOL     H5    5  -0.116  -0.090   0.000
   1.46020   1.46020   1.46020

UTM 发表于 2024-1-27 21:59
用记事本打开，最下面就是盒子的尺寸。

这是你的gro文件信息：

carbon
     5
    1MOL     C1    1  -0.009  -0.090   0.000
    1MOL     H2    2   0.026  -0.191   0.000
    1MOL     H3    3   0.026  -0.039   0.087
    1MOL     H4    4   0.026  -0.039  -0.087
    1MOL     H5    5  -0.116  -0.090   0.000
   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000

dayu8278 发表于 2024-1-27 21:20
这个gro文件哪有box尺寸信息呢？

用记事本打开，最下面就是盒子的尺寸。

这个gro文件哪有box尺寸信息呢？

Seyilaxa 发表于 2024-1-27 16:17
没有设置盒子信息，应当先使用editconf构建模拟盒子

我先是构建了一个苯的盒子，然后把甲烷放进去的呀

没有设置盒子信息，应当先使用editconf构建模拟盒子