dayu8278 发表于 2024-1-29 09:59
请问大佬是在mdp文件中设置吗？

这个消除平动和转动，我感觉也是属于人为控制的一部分，所以如果非必要，尽量不使用这个，让它自然热力学运动更符合实际情况。

dayu8278 发表于 2024-1-29 09:59
请问大佬是在mdp文件中设置吗？

是的

sobereva 发表于 2024-1-29 04:36
trjconv结合-pbc cluster处理轨迹。
下文里搜cluster
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

谢谢Sob老师的回复，感谢！

dzdhp 发表于 2024-1-28 11:34
建议模拟的时候就设置好消除平动和转动，就不会出现这种跑出盒子外的情况。

请问大佬是在mdp文件中设置吗？

Seyilaxa 发表于 2024-1-28 16:11
可以设置把某一个残基甚至是某一个原子放在盒子中间。例如这篇博文讲的：https://jerkwin.github.io/2016/0 ...

谢谢，我后来就是这么做的，把一个蛋白设置为center，另外一个蛋白也就跟着过来了，谢谢大佬

trjconv结合-pbc cluster处理轨迹。
下文里搜cluster
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

可以设置把某一个残基甚至是某一个原子放在盒子中间。例如这篇博文讲的：https://jerkwin.github.io/2016/0 ... %E5%A4%84%E7%90%86/

建议模拟的时候就设置好消除平动和转动，就不会出现这种跑出盒子外的情况。