sobereva 发表于 2024-2-11 20:07
仅凭当前的信息来看，大概率是程序考虑不周所致。换成更新版本说不定也能解决

有可能，因为-20度和0度的模拟是过了大半年后补充的数据，中途换了超算分区，新旧节点的一些设置可能会有影响吧。（ps，新的客服编译GMX整整弄了两天，且给我的脚本一开始也无法提交任务，让我觉得不太靠谱）总之，再次感谢卢老师。

Yaohui 发表于 2024-2-11 15:58
谢谢卢老师，经过这两天的排查，mdp和拓扑文件都没变，通过减小thread-MPI的进程数（np从104改为了20）， ...

仅凭当前的信息来看，大概率是程序考虑不周所致。换成更新版本说不定也能解决

sobereva 发表于 2024-2-8 20:44
没必要人为减小盒子，如果体系是液态的，靠控压自然就能自发调节盒子

按http://sobereva.com/soft/Sobto ...

谢谢卢老师，经过这两天的排查，mdp和拓扑文件都没变，通过减小thread-MPI的进程数（np从104改为了20），减小了域分解单元的数量，这样就不报错正常运行了。只是很好奇为什么同样体系常温和-40度不报错，0度和-20就报错了

没必要人为减小盒子，如果体系是液态的，靠控压自然就能自发调节盒子

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的，不用域分解再试