wzkchem5 发表于 2024-2-10 16:49
仔细阅读http://sobereva.com/680

非常感谢

liz8966 发表于 2024-2-10 02:09
感谢老师回复。老师新年快乐。此外想问一下输入文件里的"理论方法"是什么意思。

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sobereva 发表于 2024-2-10 08:33
如果不是无势垒或反应势垒很低的反应，不要随便跑AIMD，不仅极其昂贵，在很有限时间的模拟中得到你感兴趣的 ...

感谢老师回复。老师新年快乐。此外想问一下输入文件里的"理论方法"是什么意思。

如果不是无势垒或反应势垒很低的反应，不要随便跑AIMD，不仅极其昂贵，在很有限时间的模拟中得到你感兴趣的现象的可能性还微乎其微。此时应当首先考虑用簇模型找过渡态、跑IRC方式研究，参看《要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题》（http://sobereva.com/597）里的一些讨论。除非利用一些增强采样技术跑AIMD。

量子化学程序基于DFT跑AIMD通常也就跑得动几十原子，160多原子没戏，跑10步看平均每步耗时便知。非要跑AIMD也只能改用GFN-xTB之类半经验级别跑。你当前的基组选择从精度方面倒是合理的，虽然跑不动。改成B97-3c更贵。主流双路服务器上优化这种大小体系都挺耗时，更别提用r5 5600g这种档次CPU跑AIMD了。

输入文件里居然都不写理论方法，太离谱了。