yorksy 发表于 2024-2-14 17:11
我也试过每一帧单独trajout，但这样就导致我不知道用什么拓扑结构。我的拓扑文件里面把所有水分子的编号 ...

1）如果要导出相应top文件，可以试试cpptraj里parmwrite 和 parmstrip；
2）不过这样子挺麻烦的。。如果只是看结构，导pdb挺好；VMD没用过，不知论坛里的同志有没有办法。。

Serious 发表于 2024-2-12 23:57
1）我觉得一帧一帧单独trajout比较好；
2）假定reference是3_prot_npt_0000.rst，strip是依照reference去 ...

我也试过每一帧单独trajout，但这样就导致我不知道用什么拓扑结构。我的拓扑文件里面把所有水分子的编号都写上了。如果不能导出对应的拓扑文件的话，就会导致我的拓扑和结构合不到一起去，VMD里面显示一团乱。

1）我觉得一帧一帧单独trajout比较好；
2）假定reference是3_prot_npt_0000.rst，strip是依照reference去找保留的分子。比如第100位水分子在reference中是保留的，符合strip距离的设定，那么trajin的所有帧都保留第100位水分子，所以会有“发现在某一个时间点它们跟配体很近，大概三到四埃的样子。但是其他时间离配体都很远”的情况；总的来说，strip的分子是按照reference定的；