s1lence- 发表于 2026-1-27 19:25 没让你用VMD2非正式版，根本甭考虑这个 老老实实用VMD 1.9.3 64bit版，论坛里就有 |
sobereva 发表于 2026-1-24 13:30 感谢老师解答，不过原本的图用的是VMD2 64bit的界面 在回调到1.9.3用tachyon渲染后黑影依然存在。另外界面里面Materials已经调到了一样的参数，然而预览界面依然异常，想请老师再看看是不是我的操作哪里不对 |
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s1lence- 发表于 2026-1-23 23:39 如果tachyon渲染后也这样，改用VMD 64bit版本再试 自己手动改 |
| 老师您好，在作图的时候出现了如图的黑色部分，想问问是什么原因导致的？此外在VMD中save的.vmd再打开后isosurface与save前的Translucent不一样了，想请问一下一般这样会怎么处理？ |
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Yuyong 发表于 2025-5-27 18:15 拿具体结构图说明问题 |
| 请问老师，对于不对称单元有两个分子，是否要对这两个不对称单元分别进行作用力hirshfeld surface 分析？ |
sobereva 发表于 2025-5-22 04:04 好的老师，感谢老师回复~ |
l1234 发表于 2025-5-21 15:50 那只是不同原子间接触情况，和什么类型的相互作用完全是两个层面的事。不同类型相互作用成份占比需要做能量分解研究，参看 使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析 http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html） 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html） 谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想 http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html） |
| 您好老师，文中3.4部分，元素之间的重叠面积那个饼状图是否等同于说明中心分子与环境分子之间不同类型的作用力贡献占比情况呀？ |
sobereva 发表于 2025-1-23 11:42 好的，万分感谢sob老师的回复，提前祝您新年快乐  |
zhou_yin 发表于 2025-1-22 17:15 没法直接合并显示。本来作用特征也明显不同，一个是中心分子作为氢键受体一个是给体，合并显示我不认为有多大意义。 |
sob老师好，请问在做3.3 局部接触分析与局部指纹图时，怎么将O--H（内部--外部）和H--O（外部--内部）的指纹图合并绘图呢？按照文中的步骤这两种是分开绘制的。谢谢sob老师 |
红茶泡枸杞 发表于 2024-9-20 09:20 不扩胞呗，直接拿原先模型做Hirshfeld surface分析 |
| 社长您好，我用701博文“使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用”做分析，做的是COF吸附分子，COF本身就很大，Multiwfn自动扩胞5*5*5，如何设置不扩胞呢？ |
sobereva 发表于 2024-4-5 22:05 收到，感谢老师指导 |
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