Yuyong 发表于 2025-5-27 18:15
请问老师，对于不对称单元有两个分子，是否要对这两个不对称单元分别进行作用力hirshfeld surface 分析？

拿具体结构图说明问题

请问老师，对于不对称单元有两个分子，是否要对这两个不对称单元分别进行作用力hirshfeld surface 分析？

sobereva 发表于 2025-5-22 04:04
那只是不同原子间接触情况，和什么类型的相互作用完全是两个层面的事。不同类型相互作用成份占比需要做能 ...

好的老师，感谢老师回复~

l1234 发表于 2025-5-21 15:50
您好老师，文中3.4部分，元素之间的重叠面积那个饼状图是否等同于说明中心分子与环境分子之间不同类型的作 ...

那只是不同原子间接触情况，和什么类型的相互作用完全是两个层面的事。不同类型相互作用成份占比需要做能量分解研究，参看
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）

谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）

您好老师，文中3.4部分，元素之间的重叠面积那个饼状图是否等同于说明中心分子与环境分子之间不同类型的作用力贡献占比情况呀？

sobereva 发表于 2025-1-23 11:42
没法直接合并显示。本来作用特征也明显不同，一个是中心分子作为氢键受体一个是给体，合并显示我不认为有 ...

好的，万分感谢sob老师的回复，提前祝您新年快乐

zhou_yin 发表于 2025-1-22 17:15
sob老师好，请问在做3.3 局部接触分析与局部指纹图时，怎么将O--H（内部--外部）和H--O（外部--内部）的指 ...

没法直接合并显示。本来作用特征也明显不同，一个是中心分子作为氢键受体一个是给体，合并显示我不认为有多大意义。

sob老师好，请问在做3.3 局部接触分析与局部指纹图时，怎么将O--H（内部--外部）和H--O（外部--内部）的指纹图合并绘图呢？按照文中的步骤这两种是分开绘制的。谢谢sob老师

红茶泡枸杞 发表于 2024-9-20 09:20
社长您好，我用701博文“使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用”做分 ...

不扩胞呗，直接拿原先模型做Hirshfeld surface分析

社长您好，我用701博文“使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用”做分析，做的是COF吸附分子，COF本身就很大，Multiwfn自动扩胞5*5*5，如何设置不扩胞呢？

sobereva 发表于 2024-4-5 22:05
近似表现周期性体系而从分子晶体中抠出团簇，和计算真实情况本身就是分子团簇的体系，完全是两码事，结构 ...

收到，感谢老师指导

jingetiema6112 发表于 2024-4-5 10:16
您好老师，文中说”为了构造簇模型，启动Multiwfn，然后载入NAOB.cif“”，之前看过一篇文章是用molclus可 ...

近似表现周期性体系而从分子晶体中抠出团簇，和计算真实情况本身就是分子团簇的体系，完全是两码事，结构完全不同

您好老师，文中说”为了构造簇模型，启动Multiwfn，然后载入NAOB.cif“”，之前看过一篇文章是用molclus可以进行构象搜索生成团簇，所以，能不能用这种方法产生的团簇作为进行Hirshfeld surface分析的输入文件？

更新了此文，3.1节增加了考察Hirshfeld surface表面电子密度极大点数值方法的说明，第4节增加了文献中考察蛋白质-配体相互作用的图