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求解Gaussian臭氧和苯环反应加和物的过渡态问题

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发布时间: 2024-2-22 20:05

正文摘要:

根据一些相关文献,臭氧分子可以进攻苯环上的反应点位,臭氧分子末端会与反应点相连,形成臭氧加合物。 我尝试了将臭氧分子摆在苯环上方用TS搜索过渡态,结果在PM6半经验条件下的虚频可以看到连接我的目标物 , ...

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北大-陶豫 发表于 Post on 2024-2-24 09:25:43
Orlea 发表于 2024-2-23 19:25
谢谢,我准备增加格点精度来尝试解决SCF不收敛的问题。
想请教一下老师Unrestricted DFT的含义

Unrestricted 意思是不限制 α β 自旋的电子的轨道波函数的空间部分一样。这会导致 SCF 优化的变量数目增多,收敛变得困难,但开壳层体系 DFT 必须用 Unrestricted DFT 才能得到正确的波函数。
至于我怎么看出来的?你 6 楼贴的输出文件里有“UM062X”,开头的 U 就是 Unrestricted 的意思。

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Orlea + 4 谢谢,终于明白之前看到的U的含义了

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Orlea 发表于 Post on 2024-2-23 19:25:31
北大-陶豫 发表于 2024-2-23 16:42
就是SCF 没收敛。看:http://sobereva.com/61
另外,为什么用 Unrestricted DFT 计算?

谢谢,我准备增加格点精度来尝试解决SCF不收敛的问题。
想请教一下老师Unrestricted DFT的含义
Orlea 发表于 Post on 2024-2-23 19:07:25
hebrewsnabla 发表于 2024-2-23 16:52
先考虑自旋多重度有没有问题。O3应该是三重态。

谢谢提示
wzkchem5 发表于 Post on 2024-2-23 18:59:53
Orlea 发表于 2024-2-23 11:57
是的,这是后面路径的一个和羟基自由基的反应,我查了一下羟基自由基的自旋多重度是2,所以就把自旋 ...

哦明白了,这是另一个物种,那没问题了
Orlea 发表于 Post on 2024-2-23 18:57:50
wzkchem5 发表于 2024-2-23 17:25
电荷和自旋多重度没设对吧?从来看,你把体系设置成二重态了

是的,这是后面路径的一个和羟基自由基的反应,我查了一下羟基自由基的自旋多重度是2,所以就把自旋多重度设置为了2,试了一下设成1是直接报错的
hebrewsnabla 发表于 Post on 2024-2-23 17:48:12
wzkchem5 发表于 2024-2-23 17:23
O3就是单重态啊,O2才是三重态
不过O3因为存在强相关,在用HF exchange比例比较高的泛函的时候,可能表 ...

是的,我记错了。
wzkchem5 发表于 Post on 2024-2-23 17:25:56
Orlea 发表于 2024-2-23 09:30
谢谢sob老师,找到过渡态跑完IRC后,对反应物进行结构优化没有发现虚频,结果在高级别计算单点能时发生了 ...

电荷和自旋多重度没设对吧?从<S**2>来看,你把体系设置成二重态了
wzkchem5 发表于 Post on 2024-2-23 17:23:54
hebrewsnabla 发表于 2024-2-23 09:52
先考虑自旋多重度有没有问题。O3应该是三重态。

O3就是单重态啊,O2才是三重态
不过O3因为存在强相关,在用HF exchange比例比较高的泛函的时候,可能表现为开壳层单重态
hebrewsnabla 发表于 Post on 2024-2-23 16:52:46
先考虑自旋多重度有没有问题。O3应该是三重态。
北大-陶豫 发表于 Post on 2024-2-23 16:42:29
Orlea 发表于 2024-2-23 16:30
谢谢sob老师,找到过渡态跑完IRC后,对反应物进行结构优化没有发现虚频,结果在高级别计算单点能时发生了 ...

就是SCF 没收敛。看:http://sobereva.com/61
另外,为什么用 Unrestricted DFT 计算?
Orlea 发表于 Post on 2024-2-23 16:30:37
sobereva 发表于 2024-2-23 01:45
照常解决
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278(htt ...

谢谢sob老师,找到过渡态跑完IRC后,对反应物进行结构优化没有发现虚频,结果在高级别计算单点能时发生了报错,最后报错内容是:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
Error on total polarization charges =  0.06055
SCF Done:  E(UM062X) =  -422.477405449     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.14D-04     -V/T= 2.0050
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7754 S= 0.5126
<L.S>= 0.000000000000E+00
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =       3.69
(included in total energy above)
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7754,   after     0.7503
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public3/home/m6s001143/software-m6s001143/g09D01/l502.exe at Fri Feb 23 16:25:10 2024.
想请教一下老师为什么会发生这种情况,谢谢
sobereva 发表于 Post on 2024-2-23 01:45:44
Orlea 发表于 2024-2-23 00:35
谢谢sob老师,我以后会注意这些用词和写法的使用
请问sob老师,我用b3lyp理论方法尝试对相同结构进行优 ...

照常解决
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
Orlea 发表于 Post on 2024-2-23 00:35:18
sobereva 发表于 2024-2-22 22:49
分清楚M06和M06-2X,分清楚理论方法和基组:
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com ...

谢谢sob老师,我以后会注意这些用词和写法的使用
请问sob老师,我用b3lyp理论方法尝试对相同结构进行优化,结果有所变化,不过虚频的振动方向还是没有达到预期。想请教老师如果虚频只有甲基基团转动,要如何调整结构让这一振动消除
sobereva 发表于 Post on 2024-2-22 22:49:15
Orlea 发表于 2024-2-22 21:20
是的老师,我主要参考的一篇文献(地址:http://dx.doi.org/10.1021/acs.est.8b00011)上臭氧会和苯环发 ...

分清楚M06和M06-2X,分清楚理论方法和基组:
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

以错错得对的方式得到期望的结果也没意义

也考虑其它泛函,诸如PBE0、B3LYP、MN15

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