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如果只对蛋白质部分区域进行rmsd，应该如何操作？

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CHJ2841666311

发布时间: 2024-2-23 21:06

正文摘要:

各位老师好，我用gromacs进行了膜蛋白配体复合物的分子动力学模拟，分析结果发现rmsd波动较大，并没有收敛。我用vmd查看轨迹发现主要是末端发生较大的变动，叠加了rmsd较小和较大的时候的蛋白结构，也是末端变化大， ...

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CHJ2841666311 发表于 Post on 2024-2-24 12:20:14

好的，非常感谢老师。

sobereva 发表于 Post on 2024-2-24 00:50:55

CHJ2841666311 发表于 2024-2-23 22:08
非常谢谢sob老师的回答。还想请问一下老师，对蛋白质部分区域做rmsd分析的情况多吗？您是否有看到相关文 ...

肯定非常多

CHJ2841666311 发表于 Post on 2024-2-23 22:08:35

sobereva 发表于 2024-2-23 21:21
VMD的RMSD trajectory tool插件左上角的文本框可以自己输入要对哪个区域做align、算RMSD，写恰当的选择语句 ...

非常谢谢sob老师的回答。还想请问一下老师，对蛋白质部分区域做rmsd分析的情况多吗？您是否有看到相关文章，我想仔细了解清楚。

sobereva 发表于 Post on 2024-2-23 21:21:59

VMD的RMSD trajectory tool插件左上角的文本框可以自己输入要对哪个区域做align、算RMSD，写恰当的选择语句即可，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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