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发布时间: 2024-2-27 10:42
正文摘要:在用gmx msd计算熔融KOH-NaOH的扩散系数时，发现得到的MSD曲线比较不平滑 下面的MSD图是我算的一个案例体系，温度为523K，KOH:NaOH=50:50，总计300个原子，步长1fs，步数40000，取其中的20000步，其它参数参考科音 ... |
VladZ 发表于 2024-2-29 11:33 搞清楚MSD计算原理就明白了 用越长的轨迹算MSD，采样数就会越多、统计误差越小、原理上越准确（前提是整条轨迹里用于算MSD的轨迹区段都是已经平衡了的） 参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt里这个示意图： 
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VladZ 发表于 2024-2-28 10:34 假设20ps时体系已经平衡了，用20-40ps（最好再跑长点）计算MSD，并且用20ps那个结构作为reference |
sobereva 发表于 2024-2-28 06:48 好的，感谢sob老师提醒，我会注意下次提问的表达，非常感谢您的解答！ 另外我还存在一个后处理问题：在计算中，我用一个40ps的算例计算K的扩散系数时，发现取1-8ps时，使用同一个第一帧的gro，截取0-10ps的trr、0-20ps的trr以及0-40ps的trr时算出来的结果都不一样，40ps：1.9623，20ps：2.2871，10ps：3.8900（单位10-5 cm2/s），想请教一下这是什么原因？ |
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曲线明明是平滑的 1-8 ps |
VladZ 发表于 2024-2-27 10:58 有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。 不要用诸如“2018年的那个帖子”这种描述，没人知道你指什么，认真看下文 在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html） |
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