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可以利用结合能判断复合物的最佳结合比例吗

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发布时间: 2024-2-29 11:29

正文摘要:

我是做分子印迹方向的,在合成分子印迹聚合物过程中,要判断模板分子(化合物A)与功能单体(化合物B)形成复合物的最佳结合比例,其最佳比例可能为1:1,1:2,1:3,1:4,1:5,一般都是做实验逐个判断。利用计算 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-3-1 02:30:15
A的Cl原子不可能和B的-COOH共价结合,又没发生化学反应

“分子间转移电荷量最大” 不构成判据
应当称为结合能最避免歧义

虽然可以按下文用Multiwfn考察分子表面静电势,根据显著的表面静电势正、负位点去对A、B进行匹配来考察此问题,但这种做法的靠谱程度、原理的合理性远比不上用GROMACS做分子动力学研究。光是用量化程序对复合物算算结合能,考虑得也明显不周全(构象问题、周围其它分子的存在、动态效应,都是完全没法忽视的)。
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159


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