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团簇分析gmx cluster和gmx clustsize的应用

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zhangfaxue

发布时间: 2024-2-29 14:35

正文摘要:

本人最终目的：想要得到体系中组分A形成的团簇大小、每个团簇中所含分子A的个数等。 1、我的想法是：需要根据gmx cluster归簇，设定归为一簇的判定标准（比如cut<0.5nm），再用gmx clustsize进行团簇分析吗？ 2 ...

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zhangfaxue 发表于 Post on 2024-3-4 10:58:17

sobereva 发表于 2024-3-2 06:18
每个簇平均含的原子数
是

谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2024-3-2 06:18:28

zhangfaxue 发表于 2024-3-1 09:50
谢谢老师！下次发帖我一定注意
另外，想继续追问老师一个问题，比如gmx clustsize得到的aclust.xvg文件 ...

每个簇平均含的原子数
是

sobereva 发表于 Post on 2024-3-1 02:19:23

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “团簇分析gmx cluster和gmx clustsize的应用” 改了，以后务必注意

根本不是用gmx cluster的场合。gmx clustsize可以告诉你簇尺寸的分布，即某一帧或者一段轨迹内平均来说，含有不同原子或分子的簇的数目。以及簇的数目、最大的簇的容量随时间的变化

根据原子/分子间的接触情况判断它们是否属于同一个簇

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