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求助gromacs用32个核会报错,改成8个核就没有问题

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发布时间: 2024-3-2 10:44

正文摘要:

请问下大家,我用32个核会报错(如图),改成8个核就没有问题,但是用8个核时间来不及。所以想麻烦问下大家还有什么其他办法吗?因为对一条链上的两个原子(相距13.03A)在[ bonds ]中加了距离限制,限制距离为13.03 ...

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xuxu 发表于 Post on 2024-3-2 21:29:32
Frozen-Penguin 发表于 2024-3-2 16:56
报错提示中指出并行时域分解(domain decomposition)有问题,说明你模拟的盒子可能比较小,域分解如果分得 ...

感谢~
Frozen-Penguin 发表于 Post on 2024-3-2 16:56:00
报错提示中指出并行时域分解(domain decomposition)有问题,说明你模拟的盒子可能比较小,域分解如果分得太细就会小于截断举例,所以不能太多核并行。至于距离约束,约束的距离不能大于盒子尺寸的一半,这是周期性边界条件的要求。

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