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求助orca激发态动力学的热浴设置以及没跑到设的步数就结束的问题

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发布时间: 2024-3-4 10:15

正文摘要:

各位老师好,我现在的课题是做一个分子在S1态下的水解路径,其水解过程如下图所示,目前第一步的水解在s0和s1的过渡态已经搜索完毕,对于第二步酰胺水解s0已经搜索完毕,但是对于第二步酰胺键在激发态的水解始终没有 ...

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furcore 发表于 Post on 2024-8-24 10:11:43
Sui1999 发表于 2024-3-4 17:40
好的,谢谢老师,那这个体系确实可以发生第二步反应

这个反应涉不涉及s1和s0间的势能面交叉,如果涉及的话AIMD是无法描述的吧
Sui1999 发表于 Post on 2024-3-4 17:40:06
wzkchem5 发表于 2024-3-4 17:16
第一步可逆吗?
第一步显然是足够快的,假如第一步发生以后,体系没法返回到原分子的激发态,也没有其他 ...

好的,谢谢老师,那这个体系确实可以发生第二步反应
wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-4 17:16:11
Sui1999 发表于 2024-3-4 09:55
谢谢老师的回复,我现在的结果显示在激发态下噁唑环先发生中的CO键断裂,然后再与水反应,能垒分别为2.8  ...

第一步可逆吗?
第一步显然是足够快的,假如第一步发生以后,体系没法返回到原分子的激发态,也没有其他的低于20kcal/mol的转化途径,那就来得及发生第二步
Sui1999 发表于 Post on 2024-3-4 16:55:30
wzkchem5 发表于 2024-3-4 15:57
你确定这个分子S1水解速率快于S1态衰变的速率吗?
如果S1态没法在S1态的寿命之内(往往只有几纳秒)水解, ...

谢谢老师的回复,我现在的结果显示在激发态下噁唑环先发生中的CO键断裂,然后再与水反应,能垒分别为2.8 kcal/mol和21.6 kcal/mol。21.6 kcal/mol的能垒的反应应该也不能在激发态的寿命里完成,那不是这个分子很难水解吗,但是实验上,普遍认为这个分子在紫外光照射下,很容易发生水解。这种情况我该怎么办啊?
wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-4 15:57:13
你确定这个分子S1水解速率快于S1态衰变的速率吗?
如果S1态没法在S1态的寿命之内(往往只有几纳秒)水解,那你算S1态水解就是白费功夫,因为现实中发生不了。
另外不是所有反应都可以用AIMD判断难易的,建议仔细阅读https://mattermodeling.stackexch ... t-or-aimd/9026#9026
Sui1999 发表于 Post on 2024-3-4 14:30:18
sobereva 发表于 2024-3-4 12:19
1 那叫提交任务

仔细把下文看了,都说了

谢谢社长
sobereva 发表于 Post on 2024-3-4 12:19:26
1 那叫提交任务

仔细把下文看了,都说了
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html

2 检查任务产生的文本型临时文件末尾内容试图判断
sobereva 发表于 Post on 2024-3-4 12:14:35
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “orca激发态动力学” 改了,以后务必注意!

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