求助packmol建模怎么让分子尽量随机分布不聚集

查看数: 1652 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-3-6 10:57

本帖最后由 zhangfaxue 于 2024-3-6 10:58 编辑 1、采用如下inp，设置radius 2 分子聚集很近 tolerance 2.0 add_box_sides 1.2 output ASP.pdb structure C5Pe.pdb number 40 i ...

回复 Reply

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-3-7 15:03:09

deanvs 发表于 2024-3-7 09:18
兄弟，你这个是沥青的吧？我能问一下，你们沥青的结构是哪来的吗

文献里面阐述了很多沥青的结构，我都是参考文献使用的

zhangfaxue 发表于 Post on 2024-3-7 14:37:40

sobereva 发表于 2024-3-6 14:57
用gmx insert-molecules随机往盒子里插入分子。没必要非得用packmol

得到的结构没明显不合理接触就算合 ...

谢谢老师的解答！

牧生 发表于 Post on 2024-3-7 09:35:16

deanvs 发表于 2024-3-7 09:18
兄弟，你这个是沥青的吧？我能问一下，你们沥青的结构是哪来的吗

很多文献都公开了典型的沥青的结构式啊，一般都是各种乱七八糟的环状化合物，各尽不同。

比如你看看这个文章里面的支撑信息
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

deanvs 发表于 Post on 2024-3-7 09:18:24

兄弟，你这个是沥青的吧？我能问一下，你们沥青的结构是哪来的吗

sobereva 发表于 Post on 2024-3-6 14:57:41

用gmx insert-molecules随机往盒子里插入分子。没必要非得用packmol

得到的结构没明显不合理接触就算合理

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register