求助: 模拟金属蛋白-配体复合物过程中金属离子发生脱离，做退火处理参数设置

查看数: 1174 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-3-7 11:09

我的模拟体系中有3个镁离子。两个配体：PPI（焦酸磷头）和碳正阳离子。模拟力场选择是amberff14sb。在对镁离子不加限制的时候，MD模拟50ns的时间，镁离子会出现在前16ns在蛋白口袋内后面飞出又飞进活性口袋，但是PPI ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-3-7 16:30:50

liu19950830 发表于 2024-3-7 15:14
sob老师，请教您说的限制没加对是什么意思，我没理解是什么情况属于限制没加对

拓扑文件没写对

liu19950830 发表于 Post on 2024-3-7 15:14:09

sobereva 发表于 2024-3-7 12:30
飞出去只可能限制没加对
退火设置没有问题

sob老师，请教您说的限制没加对是什么意思，我没理解是什么情况属于限制没加对

sobereva 发表于 Post on 2024-3-7 12:30:05

飞出去只可能限制没加对
退火设置没有问题

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register