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求助优化b2h6在sio2表面吸附过程时总是不能形成双氢键

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发布时间: 2024-3-7 15:24

正文摘要:

优化出来的结果非常离谱

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phur 发表于 Post on 2024-3-15 08:36:48
wzkchem5 发表于 2024-3-15 04:40
文献的SI给了分子坐标了吗?如果给了,用文献的分子坐标作为初始结构优化。
如果包括分子坐标在内的所有 ...

SI里没有给分子坐标,谢谢老师的建议,我这就去发邮件!
wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-15 04:40:02
phur 发表于 2024-3-14 02:24
老师你好,我使用了和帖子里一样的基组泛函,结果和之前一样不能产生双氢键,并且算出来的结果总是认为b2h ...

文献的SI给了分子坐标了吗?如果给了,用文献的分子坐标作为初始结构优化。
如果包括分子坐标在内的所有细节都和文献统一了,仍然重复不出来,那就给文献作者发邮件,找他们要原始输入文件
wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-7 20:26:35
phur 发表于 2024-3-7 13:06
老师你好,这是我参考的文献

你的计算理论级别和文献不一致。先和文献的理论级别统一再说
phur 发表于 Post on 2024-3-7 20:06:16
wzkchem5 发表于 2024-3-7 18:13
你为什么预期能生成双氢键?
B2H6的H虽然有一定的氢负性质,但是如果B上没有强配体的话,H的氢负性质并 ...

老师你好,这是我参考的文献

acs.jpclett.1c00781.pdf

1.84 MB, 下载次数 Times of downloads: 6

wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-7 18:13:21
phur 发表于 2024-3-7 08:28
而且最后不能收敛,报错l103.之前按照帖子中的方法处理后又报错l9999,再次处理后,出现的结构和图中类似, ...

你为什么预期能生成双氢键?
B2H6的H虽然有一定的氢负性质,但是如果B上没有强配体的话,H的氢负性质并不强。这也就是为什么B2H6还原有机化合物,一般不是B2H6直接转移一个氢负给底物,而是底物先和硼配位(如醛酮的反应),或至少有一定的轨道重叠(如烯烃的反应),硼烷变得更加富电子以后,氢负才能给出来。
所以类似地,B2H6的氢的氢负性质可能未必强到足以和羟基形成双氢键。如果文献认为有双氢键,建议把文献贴出来;如果没有文献支持,那应当考虑本来就不该形成双氢键的可能性
phur 发表于 Post on 2024-3-7 16:23:25
sobereva 发表于 2024-3-7 16:19
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

感谢sob老师!第一次发帖求助,有些不规范,抱歉
sobereva 发表于 Post on 2024-3-7 16:19:29
phur 发表于 2024-3-7 15:28
而且最后不能收敛,报错l103.之前按照帖子中的方法处理后又报错l9999,再次处理后,出现的结构和图中类似, ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

绝对不要用诸如“之前按照帖子”这种描述,没人知道你在说什么,好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

摆恰当的初猜结构。氢加上极化

亦可用genmer+molclus做团簇构型搜索,确保得到能量最低结合结构
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

内存甭给得那么抠

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

phur 发表于 Post on 2024-3-7 15:28:50
而且最后不能收敛,报错l103.之前按照帖子中的方法处理后又报错l9999,再次处理后,出现的结构和图中类似,一样是不能形成氢键

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