Frozen-Penguin 发表于 2024-3-8 14:14
comm-mode是用来消除分子整体平动转动的，你的体系用了位置限制，所以不会出现上述情况，这个选项没有影响 ...

好的，谢谢老师的建议！我再多试一些参数

comm-mode是用来消除分子整体平动转动的，你的体系用了位置限制，所以不会出现上述情况，这个选项没有影响。
refcoord-scaling用来修改位置约束时参考位置的变化，由于压强平衡会改变盒子大小，位置约束也要随之改变，如果你希望被约束的分子始终位于盒子中央，就应该选择com。
berendsen得到的系综不是严格的系综，所以一般只用于平衡阶段，正式模拟还是要用PR，或者如果版本比较新可以用C-rescale，另外控压算法是否稳定还与tau-p的数值有关，粗粒化模拟的步长通常比全原子大，相应的tau-p和tau-t也要改大。