gromacs做NPT动力学模拟的结果随升温速率变化这么大吗？原因是什么？

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发布时间: 2024-3-8 14:04

本帖最后由 wanlichuan 于 2024-3-9 00:53 编辑大家好，我想做一个晶体材料的NPT升温动力学，目标温度550K，用同一个结构和同一个top文件，步长、热浴和压浴及时间常数等参数都保持不变，只改变升温速率。升高5 ...

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wanlichuan 发表于 Post on 2024-3-10 08:02:24

好的，谢谢社长。知道会有一些随机因素导致重现性低，但是没想到会有这么大的定性差别。

sobereva 发表于 Post on 2024-3-9 05:58:45

不一定是升温速度的原因。动力学本来就有随机性，即便同一个升温速度反复跑10遍，都有可能得到有和没有相变的结果。所以每个升温速度应该重复跑多次得到统计信息

另参考下文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

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