计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

求助,利用Gaussian 16寻找Lu-DOTA配合物过渡态出现振荡问题如何解决

查看数: 1241 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-3-10 14:24

正文摘要:

各位老师大家好,我在利用Gaussian寻找Lu-DOTA配合物过渡态的时候多次出现了优化过程振荡的现象,最终导致寻找失败。设置过渡态初猜结构的时候,设想Lu3+从远处进入DOTA4-的腔内,过渡态应该在刚刚进入的初期,想问 ...

回复 Reply

shrine 发表于 Post on 2024-3-10 21:04:24
wzkchem5 发表于 2024-3-10 19:19
计算过渡态的时候考虑水分子了吗?
结合反应是在水里进行的,而金属第一配位层的溶剂分子必须显式描述。所 ...

感谢您的回复,老师您说的非常正确。
我在第一次找过渡态的时候是按照Lu(H2O)3+ + DOTA4- -> [Lu(DOTA)(H2O)]- 的反应式来的,但是出现仍然出现了振荡,我以为是体系太复杂导致的。
因为我的目的是想通过过渡态的研究来比较不同配体的络合动力学,所以想着简化一下分子可能对于体系的过渡态优化有帮助(还是说越和真实情况相符越有利呢?)。
那我先按照老师的方法,以他实际的过程为准来找一下过渡态,再次感谢老师的帮助!
wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-10 19:19:15
计算过渡态的时候考虑水分子了吗?
结合反应是在水里进行的,而金属第一配位层的溶剂分子必须显式描述。所以不能按Lu3+ + DOTA4- -> [Lu(DOTA)]-来算,至少也要按[Lu(H2O)n]3+ + DOTA4- -> [Lu(DOTA)]- + nH2O来算,其中n是多少自己查研究Lu3+(aq)的文献。要算得准确,还要考虑DOTA4-和水分子形成的氢键,以及[Lu(DOTA)]-的Lu是否有多余配位点和水配位

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 08:20 , Processed in 0.204506 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list