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求助如何理解模拟过程中界面不稳定的现象

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发布时间: 2024-3-10 18:28

正文摘要:

模拟的时候建立油水界面模型,界面放置表活剂,packmol尝试了两种建模方法,第一种是单层油-水模型,第二种是水-油-水模型。第一种建模方式模拟时界面所处位置会在沿着x方向(该图中的水平方向)左右移动,移动幅度 ...

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zhangfaxue 发表于 Post on 2024-3-11 14:03:24
牧生 发表于 2024-3-11 12:35
是整个轨迹中,膜都可以居中的,不仅是那一帧

好的谢谢!
牧生 发表于 Post on 2024-3-11 12:35:22
本帖最后由 牧生 于 2024-3-11 12:38 编辑
zhangfaxue 发表于 2024-3-11 10:37
但是这样只能保证那一帧是居中的,由于界面在移动其他帧会不居中

是整个轨迹中,膜都可以居中的,不仅是那一帧
zhangfaxue 发表于 Post on 2024-3-11 10:37:44
Seyilaxa 发表于 2024-3-11 09:54
可以用trjconv让输出轨迹文件时让膜居中

但是这样只能保证那一帧是居中的,由于界面在移动其他帧会不居中
Seyilaxa 发表于 Post on 2024-3-11 09:54:44
zhangfaxue 发表于 2024-3-11 08:48
老师,那我统计沿x方向界面位置的时候(密度分布等等)会受影响吗?

可以用trjconv让输出轨迹文件时让膜居中
zhangfaxue 发表于 Post on 2024-3-11 08:48:11
sobereva 发表于 2024-3-11 06:42
由于PBC,油-水 和 水-油-水 或 油-水-油,完全是一码事

老师,那我统计沿x方向界面位置的时候(密度分布等等)会受影响吗?
sobereva 发表于 Post on 2024-3-11 06:42:44
由于PBC,油-水 和 水-油-水 或 油-水-油,完全是一码事

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