JCenter 发表于 2024-11-18 00:03
gaussview,或者chem3D都可以

谢谢

tjuliuxue 发表于 2024-11-16 17:58
请问己二胺 葫芦脲的模型是用什么软件构建的

gaussview,或者chem3D都可以

请问己二胺 葫芦脲的模型是用什么软件构建的

sobereva 发表于 2024-3-12 08:57
看上去是NH3+和葫芦脲外部氧原子的作用太强，导致没法进一步深入插进去

可以尝试修改己二胺、葫芦脲的 ...

非常感谢卢老师的建议和指导

JCenter 发表于 2024-3-11 10:23
1.老师，您说的对，之前确实总觉得是mdp文件的问题，非常感谢您指出我的问题，学生受益匪浅。现在我已经 ...

看上去是NH3+和葫芦脲外部氧原子的作用太强，导致没法进一步深入插进去

可以尝试修改己二胺、葫芦脲的比例，或者同时加入更多数目，或者跑更长时间，以及尝试增加温度以加速采样

还应当考虑己二胺在水中很大一部分未必是两个氨基同时质子化的。因为一个质子化之后，由于NH3+的静电互斥作用，会导致另一个氨基没那么容易再结合一个质子。因此可以尝试加入只质子化了一个氨基，或者都没质子化的己二胺

光贴mdp没用，>95%的这类问题都在拓扑文件上。完全不理解怎么老有人把mdp的地位看得比拓扑文件重要得那么多，决定相互作用势的信息主要都是体现在拓扑文件里的

“构建模型时就建立质子化的己二胺在葫芦脲空腔中的结构” 也可以尝试，起码可以用于检验一下当前的相互作用势和体系模型是否确实能维持住超分子形成的状态。倘若这都无法满足，怎么跑动力学也不可能出现自发组装。