计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › x2top创建碳纳米管失败

x2top创建碳纳米管失败

查看数: 1497 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

wanzongliang

发布时间: 2024-3-12 19:32

正文摘要:

我在MS里创建了一个碳纳米管，后想用gromacs创建top文件，但创建的过程出现了问题，经过我反复的测试我发现是周期性的问题，想请教一下各位老师，有没有人有关于这方面的经验，我创建的碳纳米管文件附上，我用vmd查 ...

回复 Reply

wanzongliang 发表于 Post on 2024-3-13 08:27:29

sobereva 发表于 2024-3-12 19:57
我刚才又仔细看了下，是盒子边界原子和镜像原子重合了。需要删除多余的。例如画红圈的两个原子实际上是重 ...

哦哦哦感谢sob老师我明白了

sobereva 发表于 Post on 2024-3-12 19:57:47

wanzongliang 发表于 2024-3-12 19:57
哦哦哦感谢sob老师

我刚才又仔细看了下，是盒子边界原子和镜像原子重合了。需要删除多余的。例如画红圈的两个原子实际上是重合的

wanzongliang 发表于 Post on 2024-3-12 19:57:20

sobereva 发表于 2024-3-12 19:53
跟周期性没关系。当前gro里的盒子信息没问题，在VMD中显示周期镜像，可以看到在盒子边界地方没有异常
纯粹 ...

哦哦哦感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-3-12 19:53:06

跟周期性没关系。当前gro里的盒子信息没问题，在VMD中显示周期镜像，可以看到在盒子边界地方没有异常
纯粹是n2t文件写的问题
自从我开发了更好用的sobtop后我就再也不用x2top。http://sobereva.com/soft/Sobtop里面有用于周期性的例子，assign_AT.dat文件的设置比n2t灵活得多

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register