使用CI-NEB搜索过渡态时显式溶剂和隐式溶剂如何选择？

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发布时间: 2024-3-12 22:46

各位老师好，我是研究某个有机物(苯酚类)在催化剂（MgO）作用下的解聚机理的，我首先用CP2K计算了真空状态下的过渡态，可始终得不到理想的结果，由于有机物和催化剂都是固体，实际实验时一般是需要加入溶剂水的，所 ...

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jim 发表于 Post on 2024-3-16 20:11:43

sobereva 发表于 2024-3-13 07:23
隐式水模型未必会对当前体系反应路径、过渡态搜索结果有多显著影响。显式水有可能不可忽视

若DFT试算太 ...

请问老师，这种分子量比较大的情况，是否可以将拟被催化降解的物质及其附近的原子设为QM区域用QM/MM的思维去做也可以？

科研好难 发表于 Post on 2024-3-15 20:33:02

sobereva 发表于 2024-3-15 17:38
GFN1-xTB不是泛函

还可以尝试SCC-DFTB，但需要自己搞参数，比较麻烦。虽然CP2K也能用PM6，但还不如GFN ...

好的，谢谢sob老师，我继续用GFN1-xTB试一试。

sobereva 发表于 Post on 2024-3-15 17:38:20

科研好难发表于 2024-3-14 18:51
sob老师，我用GFN1-xTB优化同样的结构，和PBE相比有很大差异，GFNI-xTB优化完后催化剂表面完全乱了，我感 ...

GFN1-xTB不是泛函

还可以尝试SCC-DFTB，但需要自己搞参数，比较麻烦。虽然CP2K也能用PM6，但还不如GFN1-xTB可靠

除了这些半经验级别的方法外CP2K里没有比PBE更便宜的选择

科研好难 发表于 Post on 2024-3-14 18:51:08

sobereva 发表于 2024-3-13 07:23
隐式水模型未必会对当前体系反应路径、过渡态搜索结果有多显著影响。显式水有可能不可忽视

若DFT试算太 ...

sob老师，我用GFN1-xTB优化同样的结构，和PBE相比有很大差异，GFNI-xTB优化完后催化剂表面完全乱了，我感觉不太合理，这样还有用GFN1-xTB试算的必要性吗？或者有比GFN1-xTB稍好一点的泛函推荐吗？

科研好难 发表于 Post on 2024-3-13 10:11:20

sobereva 发表于 2024-3-13 07:23
隐式水模型未必会对当前体系反应路径、过渡态搜索结果有多显著影响。显式水有可能不可忽视

若DFT试算太 ...

好的sob老师，我先用GFN1-xTB再试算一些隐式水溶剂的情况，不行我再换成显示水试试

sobereva 发表于 Post on 2024-3-13 07:23:08

隐式水模型未必会对当前体系反应路径、过渡态搜索结果有多显著影响。显式水有可能不可忽视

若DFT试算太昂贵就先用GFN1-xTB，感觉差不多了再用DFT做refine

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