自己把AMBER14SB的力场包装上去，用 AMBER14SB
你选的太过时

蛋白质的各种全原子力场耗时都一样，"比较费时间" 是你的错觉/误解。除非是跟联合原子力场GROMOS比，但对于跑蛋白质+水类型的体系全原子和联合原子模型的原子数根本差不了多少，耗时差异可以忽略不计。

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs pdb2gmx” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

不同力场对于不同结构的蛋白都有各自的偏好，常见的做法是Amber力场+TIP3P水模型。
最简单的方法是看相似研究方向上别人用过的力场。