求助利用packmol建立氧化石墨烯膜的问题

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发布时间: 2024-3-13 21:01

我目前想要构建的体系的是一种GO中间夹层COF的复合膜，并用gromacs跑分子动力学，我想用packmol构建出来下图的这种模型，请问应该怎么限制这些分子的平行和在z轴和y轴之间的间距。

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sj1422911729 发表于 Post on 2024-3-14 12:06:19

sobereva 发表于 2024-3-14 09:17
显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的，然后这里用none免得随机旋转

谢谢sob老师成功了

sj1422911729 发表于 Post on 2024-3-14 10:36:24

sobereva 发表于 2024-3-14 09:17
显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的，然后这里用none免得随机旋转

就是首先要保证pdb文件中我的分子都是平行于XY的再用gmx insert-molecules -box XXX -ci go.pdb -o go.gro -ip pos.dat -rot none 设置合理的间距是不是就可以了

sobereva 发表于 Post on 2024-3-14 09:17:50

sj1422911729 发表于 2024-3-13 22:06
问题还是没有解决还是不在一个平面内 sob老师您发的第二个-rot关键词应该怎么用我也是刚刚开始接触grom ...

显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的，然后这里用none免得随机旋转

sj1422911729 发表于 Post on 2024-3-13 22:06:11

sobereva 发表于 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules，明确定义坐标

问题还是没有解决还是不在一个平面内 sob老师您发的第二个-rot关键词应该怎么用我也是刚刚开始接触gromacs

sj1422911729 发表于 Post on 2024-3-13 21:25:08

sobereva 发表于 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules，明确定义坐标

谢谢sob老师我去试一下

sobereva 发表于 Post on 2024-3-13 21:14:55

直接用insert-molecules，明确定义坐标

并且结合对朝向的控制

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