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求助：分子筛脱氢计算过渡态遇到问题

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akun

发布时间: 2024-3-14 10:38

正文摘要:

请问各位老师，分子筛上异丁烷脱氢找过渡态，先用CINEB方法，用EDIFFG = -0.5, EDIFF = 1E-5 跑了个粗收敛，跑了40多步就收敛了。然后用dimer方法跑精收敛，中间停了一次，后来 cp CONTCAR POSCAR 续算了一次，现在 ...

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akun 发表于 Post on 2024-3-14 22:23:52

白皛白发表于 2024-3-14 16:11
初态是指您做dimer时的POSCAR。
不知道您是用neb2dim脚本生成的MODECAR还是通过频率计算得到的MODECAR。
...

非常感谢您详细的解答！

白皛白 发表于 Post on 2024-3-14 16:15:31

关于如何用频率计算生成MODECAR，请见这个帖子下的某个回复
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid276642

白皛白 发表于 Post on 2024-3-14 16:11:46

初态是指您做dimer时的POSCAR。
不知道您是用neb2dim脚本生成的MODECAR还是通过频率计算得到的MODECAR。
如果是前者，请用频率计算生成MODECAR，这样会更容易成功找到过渡态，我个人认为脚本生成的MODECAR和结构还是挺粗糙的，不如干脆直接用NEB中能垒最高的结构来做dimer。
如果本身就是用频率计算得到MODECAR的话，那么A结构作为POSCAR时应使用A结构做频率计算时得到的MODECAR，B结构作为POSCAR时应该使用B结构频率计算时得到的MODECAR，中途中止后续算的话，就等于说MODECAR仍然是A结构的MODECAR，而结构却变成了B结构。打个比方，就相当于道路变了地图却还用旧版本的地图，这导致迷路也不奇怪。

akun 发表于 Post on 2024-3-14 14:57:00

白皛白发表于 2024-3-14 11:07
DIMER中curvature这一项绝大多数为负值才有收敛的希望，因此当这一项连续出现正值时就需要重新调整初态再试 ...

您好，我之前的MODECAR 用的是从neb跑完的初态指向末态的方向，为什么还要再重新跑一遍频率呢？另外频率和MODECAR文件之间有什么联系呢？希望您能进一步指点下

akun 发表于 Post on 2024-3-14 14:41:55

白皛白发表于 2024-3-14 11:07
DIMER中curvature这一项绝大多数为负值才有收敛的希望，因此当这一项连续出现正值时就需要重新调整初态再试 ...

谢谢您，没有注意到modecar这个关键信息，另外您说的这个初态指的是过渡态的初态吗？希望您再给点指点，祝您科研顺利！

白皛白 发表于 Post on 2024-3-14 11:07:19

DIMER中curvature这一项绝大多数为负值才有收敛的希望，因此当这一项连续出现正值时就需要重新调整初态再试了，可以凭感觉手动调一调。
另外，如果cp CONTCAR续算的话，需要用这个CONTCAR的新结构对应的MODECAR，也就是说要重新算一次频率再新建一个对应的MODECAR，否则Hessian信息和这个新结构是不匹配的，这大概是找过渡态失败的主要原因。

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