jackie 发表于 2016-11-4 08:30
一般pi-pi堆积的体系分为三类，水平位移 垂直位移 和角度旋转。

想要做scan扫描需要写成内坐标的形式,  ...

谢谢您的指点！

sobereva 发表于 2016-11-4 15:31
直接用scan没戏。
你得按此文的做法令体系旋转，使得三叉分子的一个共轭平面摆成平行于XY笛卡尔平面
调节 ...

非常感谢sobereva老师的指点，方法很清晰，不过需要下点功夫来好好试试，谢谢啦！！！

直接用scan没戏。
你得按此文的做法令体系旋转，使得三叉分子的一个共轭平面摆成平行于XY笛卡尔平面
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

然后自己写个脚本，让被扫描的氟代蒽的每个原子的Z坐标每增加一点产生一次高斯输入文件，然后批量计算，批量提取数据再作图。

或者，如果你假定氟代蒽的原子都是处在同一个平面的话，按照如上方式旋转后，把氟代蒽的所有原子的Z坐标都用同一个变量来表示，然后扫描这个笛卡尔坐标（参考我讲义上做N2二聚体扫描的例子），这就省得写脚本了。

一般pi-pi堆积的体系分为三类，水平位移 垂直位移 和角度旋转。

想要做scan扫描需要写成内坐标的形式, 其他参数设为定量, 只有你扫描的距离或者角度设为变量, 在文件最底部写上初始值, scan步长和每一步变化值。两个分子之间的相对移动就是靠你写好的内坐标就可以实现。