求助gmx rdf中时间设置的问题

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发布时间: 2024-3-16 02:05

老师您好，我用GROMACS分析VASP的结果，用VMD导出了md.trr文件后，又用gmx trjconv保存成md.xtc。体系总共156个原子，步长1fs，总时长12ps。希望分别得到整个12ps以及0-2ps内的RDF和CN。测试了2种不同的设置，对结果 ...

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yiranfengbai 发表于 Post on 2024-3-16 08:41:37

sobereva 发表于 2024-3-16 06:53
还不如直接用VMD自带的extensions - analysis - radial pair distribution function插件做rdf分析，有图形 ...

老师，我的体系是非正交体系。之前也试过用vmd

sobereva 发表于 Post on 2024-3-16 06:53:31

还不如直接用VMD自带的extensions - analysis - radial pair distribution function插件做rdf分析，有图形界面。gmx rdf对于不熟悉gmx的用户更抽象，也没额外好处

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