求助：用gromacs跑完npt平衡后生成的npt.gro文件中的RNA链在VMD中显示断裂

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LHQ

发布时间: 2024-3-22 18:04

本帖最后由 LHQ 于 2024-3-22 18:04 编辑老师，您好我是才进组的小白，我在使用amber14sb力场跑完从RCSB下载下来的蛋白质体系的NPT平衡后，在VMD中显示蛋白质体系中的RNA链时，发现RNA双链中的一条 ...

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LHQ 发表于 Post on 2024-3-22 19:40:30

Seyilaxa 发表于 2024-3-22 18:52
或许只是两个原子之间的距离恰好超过了VMD判断成键的范围（http://sobereva.com/534），持续模拟一段时间看 ...

好的，谢谢老师

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-3-22 18:52:23

或许只是两个原子之间的距离恰好超过了VMD判断成键的范围（http://sobereva.com/534），持续模拟一段时间看看是不是真的断开
如果确实是两个原子没有成键，就要检查拓扑文件中的成键关系

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