关于从头算分子动力学模拟计算过程中羟基H飞出去的问题

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发布时间: 2024-3-23 22:33

老师，用pbe/DZVP-MOLOPT-SR-GTH跑从头算分子动力学，温度设的398.15K，cutoff是750，CSVR热浴，这个羟基的H都飞出去了，无论设不设置隐式溶剂，都会这样，相关文件在附件中，还请老师指导下一下什么原因造成的，万 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-3-26 18:46:59

七尺贱发表于 2024-3-26 15:05
老师我印象中第一届好像没有CV这块的内容，第三届关于CV变量这块增加的部分多吗

CV是以后要举办的第一性原理扩展班主要涉及的，CP2K第一性原理计算培训班里只是在极少数地方涉及了

七尺贱 发表于 Post on 2024-3-26 15:05:19

sobereva 发表于 2024-3-25 11:20
第三届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里说了 ...

老师我印象中第一届好像没有CV这块的内容，第三届关于CV变量这块增加的部分多吗

ddddnight 发表于 Post on 2024-3-26 09:44:27

sobereva 发表于 2024-3-26 00:39
无限期

好的，老师，感谢

sobereva 发表于 Post on 2024-3-26 00:39:00

ddddnight 发表于 2024-3-25 15:22
好的老师，谢谢您，想买第三届的课程，但是我们老师那边出差了，需要要他签字。上次您说的对第一届学生的 ...

无限期

ddddnight 发表于 Post on 2024-3-25 15:22:20

本帖最后由 ddddnight 于 2024-3-25 22:27 编辑

sobereva 发表于 2024-3-25 11:20
第三届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里说了 ...

好的老师，谢谢您，想买第三届的课程，但是我们老师那边出差了，需要要他签字。上次您说的对第一届学生的优惠政策是到什么时候截止呀。

sobereva 发表于 Post on 2024-3-25 11:20:56

ddddnight 发表于 2024-3-24 23:09
请问老师，在cp2k里面，跑MD的时候，怎么给氢做约束呀，我在讲义里好像没有找到，可能是我没找对地方

第三届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里说了

ddddnight 发表于 Post on 2024-3-24 23:09:49

sobereva 发表于 2024-3-24 00:16
要求输出每一步SCF情况，确保SCF收敛没异常
并且步长需要至少减小一倍。含有氢，氢又不做约束，而且模拟温 ...

请问老师，在cp2k里面，跑MD的时候，怎么给氢做约束呀，我在讲义里好像没有找到，可能是我没找对地方

ddddnight 发表于 Post on 2024-3-24 00:49:40

sobereva 发表于 2024-3-24 00:16
要求输出每一步SCF情况，确保SCF收敛没异常
并且步长需要至少减小一倍。含有氢，氢又不做约束，而且模拟温 ...

好的，谢谢老师指导，大概明白了，我按照您的要求再试一下。

sobereva 发表于 Post on 2024-3-24 00:16:48

要求输出每一步SCF情况，确保SCF收敛没异常
并且步长需要至少减小一倍。含有氢，氢又不做约束，而且模拟温度不低，2 fs没法用

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