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利用gromacs求schlitter熵出现nan

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发布时间: 2024-3-25 09:43

正文摘要:

我在利用gromacs中的gmx covar 和 gmx anaeig 计算schlitter熵时,有时候不输出熵值,会出现nan。 具体的体系是,100个十二烷分子,其余填充水分子。运行15ns,15000帧,计算100个十二烷分子的熵随时间的变化。 图 ...

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UPL_JUN 发表于 Post on 2025-5-30 14:56:03
想请教一下楼主是怎么绘制这个图的?我也想做一下体系熵随反应时间的关系图。现在想的是用窗口平移的思路,但是基于窗口长度和帧数的限制(必须要足够长),计算单点的熵就需要很多时间,感觉做到楼主这样的曲线需要的计算资源有点不现实,而且gmx anaeig -entropy这个指令好像没有输出熵值到文件的选项?该如何实现熵值-时间点的提取?

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