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求助:Amber进行分子动力学模拟时如何限制距离

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发布时间: 2024-3-25 20:39

正文摘要:

我想跑一个限制距离的分子动力学模拟,其中原子a不动,原子b限制在原子a的3.5Å范围内,如何用Amber实现呢?我看了Amber关于距离的限制的教程,一方面不太懂Amber这一部分的内在逻辑,理解不了rX,rk2,rk3,offset ...

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