求助：做不含水二元体系能量最小化时输出index.ndx文件发现分类中出现了水

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发布时间: 2024-3-25 21:07

打扰各位老师！刚接触gromacs的新手请教一个问题：在做三氯甲烷和四氢吡喃二元体系的能量极小化时，发现索引文件里出现了water的分类，但是并没有添加水。而且水和非水的分组分别对应了两种组分，如图所示。请问这是 ...

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百里荆途 发表于 Post on 2024-3-26 16:44:03

sobereva 发表于 2024-3-26 14:25
我不清楚你改的具体什么位置
搞清楚gromacs处理文件的机制、注意看grompp的各种提示判断。对于模拟报错/ ...

明白了！非常感谢Sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2024-3-26 14:25:59

百里荆途发表于 2024-3-26 09:29
原来是这样！感谢sob老师答疑解惑！还有一个疑问：我在将两种组分的命名改为CHCl和CHO后，计算能量极小化 ...

我不清楚你改的具体什么位置
搞清楚gromacs处理文件的机制、注意看grompp的各种提示判断。对于模拟报错/崩溃，注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

百里荆途 发表于 Post on 2024-3-26 09:29:09

sobereva 发表于 2024-3-26 00:10
有残基名叫SOL的就会自动当成Water组，判断规则在top目录下的residuetypes.dat里。显然甭管它就完了

原来是这样！感谢sob老师答疑解惑！还有一个疑问：我在将两种组分的命名改为CHCl和CHO后，计算能量极小化时会很难收敛，继续计算平衡相也有一定概率报错，但最终的计算结果不论是总能量和密度都没有超过三位数的差别。其他都没有更改，请问为什么会出现这种情况呢？

sobereva 发表于 Post on 2024-3-26 00:10:13

有残基名叫SOL的就会自动当成Water组，判断规则在top目录下的residuetypes.dat里。显然甭管它就完了

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