gromacs用pdb2gmx时报错

查看数: 1007 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-3-25 21:53

在用gromacs模拟不同ph对蛋白质构像的影响时，使用gmx pdb2gmx -f 3npo.pdb -o 3npoprocessed.gro -water spc -inter 进行了质子化处理，处理结束用默认的方法进行封端，但是最后报错是因为什么原因呀？下面是我的截 ...

回复 Reply

Liota 发表于 Post on 2024-5-13 20:14:25

刘梦琪发表于 2024-3-26 16:59
我看看见有的帖子说可能是由于pdb文件里面的命名方式与gromacs里面的.rtp文件命名方式不对，于是我将pdb文 ...

是的，有些软件处理后的PDB文件并不符合IUPAC命名

刘梦琪 发表于 Post on 2024-3-26 13:07:41

喵星大佬发表于 2024-3-26 11:19
你没看常pH的手册么？所有可滴定位点全部按照质子化的去加H，让程序自己加

可以麻烦分享一下手册嘛？

喵星大佬 发表于 Post on 2024-3-26 11:19:52

你没看常pH的手册么？所有可滴定位点全部按照质子化的去加H，让程序自己加

刘梦琪 发表于 Post on 2024-3-26 11:02:57

喵星大佬发表于 2024-3-25 23:17
-ignh

请问是在这段代码”gmx pdb2gmx -f 3npo.pdb -o 3npoprocessed.gro -water spc -inter ”后面加-ignh嘛？我想模拟pH对蛋白结构的影响，加-ighn会不会影响质子化结果呀？

喵星大佬 发表于 Post on 2024-3-25 23:17:53

-ignh

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register