桂の猿 发表于 2024-3-27 21:35
谢谢sob老师，我是利用您开发的Multiwfn先将GaN的cif建立了一个4*4*3的超胞，如果输出xyz文件，然后用ovi ...

我从来不用OVITO
xyz文件没盒子信息，任何可视化程序都不可能还原出原本的盒子
跟正交化毫无关系，前面我都强调了

PERIODIC XYZ指的是三维周期性，不是指的各个晶格矢非得平行于各个笛卡尔轴

乐平 发表于 2024-3-26 22:54
其实可以偷懒

查一下 CP2K 手册关于 SUBSYS 小节的里的 CELL 和 TOPOLOGY，你会发现，CP2K 可以直接读 c ...

谢谢乐平老师，我是利用sob开发的Multiwfn先将GaN的cif建立了一个4*4*3的超胞，如果输出xyz文件，然后用ovito看，就是如图所示，如果我输出cif文件，则是正确的。
如果我用您的方法，使用超胞cif文件，那么这里的周期性边界是不是也是有问题的？谢谢

sobereva 发表于 2024-3-26 22:20
明显当前的晶胞信息不对。想想按照当前晶胞平移复制成超胞变成什么样子自然就知道了

PERIODIC XYZ指的是 ...

谢谢sob老师，我是利用您开发的Multiwfn先将GaN的cif建立了一个4*4*3的超胞，如果输出xyz文件，然后用ovito看，就是如图所示，如果我输出cif文件，则是正确的。
如果我希望利用 PERIODIC XYZ ，是不是应该将现在的文件正交化才可以？谢谢

其实可以偷懒

查一下 CP2K 手册关于 SUBSYS 小节的里的 CELL 和 TOPOLOGY，你会发现，CP2K 可以直接读 cif 文件里的晶胞参数，以及晶体坐标信息。你不需要从六方转换到正交。

CELL
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... LL.CELL_FILE_FORMAT

TOPOLOGY
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... UBSYS/TOPOLOGY.html

下面是例子：

1. &CELL
   
2.     PERIODIC  XYZ
   
3.     CELL_FILE_FORMAT  CIF
   
4.     CELL_FILE_NAME  YOUR_FILE_NAME
   
5. &END CELL
   
6. &TOPOLOGY
   
7.     COORD_FILE_FORMAT  CIF
   
8.     COORD_FILE_NAME  YOUR_FILE_NAME
   
9. &END TOPOLOGY

复制代码

也就是说，你只需要把你的晶体结构的 .cif 文件放在 CP2K 输入文件（.inp 文件）的同一个文件夹内，把晶体结构名替换掉上述代码里的 YOUR_FILE_NAME 就可以了。CP2K 就能自动读取晶胞参数和晶体结构信息。


这样做还有另外的好处，那就是，对于一系列计算可以保持计算参数完全相同，只用改结构文件名。可以很大程度避免粗心造成计算参数设置偏差（虽然 Multiwfn 设置 CP2K 输入文件很好用，但是 CP2K 的参数实在有些多，如果不关闭 Multiwfn 一次输入产生很多输入文件可以保证参数一致，但是关闭 Multiwfn 后，上次设置的参数会清零，万一不小心漏掉了某个设置，检查起来有点小头疼）。

明显当前的晶胞信息不对。想想按照当前晶胞平移复制成超胞变成什么样子自然就知道了

PERIODIC XYZ指的是三维周期性，不是指的各个晶格矢非得平行于各个笛卡尔轴