构建无限长碳纳米管步骤是否正确以及其位置固定问题

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发布时间: 2024-3-28 17:48

想请教一下各位老师，我想构建一个无限长的碳纳米管，并固定其位置，以下是我遇到的问题 : 1.我在构建无限长碳纳米管的时候将碳管两端的原子手动相连生成mol2.文件。再用Sobtop生成对应的gro和top（自己检查了一下 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-3-29 02:40:43

VMD不会显示跨盒子的键，你即便在VMD里要求显示出镜像晶胞也没用

位置限制的力常数用1000就足够大了，到处跑几乎一定是没写对导致没实际生效

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2024-3-28 23:43:45

1.VMD如果没有读取到键信息，会根据原子间的距离判断是否成键，这样是不会把盒子两端的原子连起来的，需要输入含有键信息的文件
2.检查log文件中是否有 Position Rest 能量以判断位置约束是否正确加上，或者检查mdp文件

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