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使用GROMACS模拟溶液中溶质分子的聚集现象问题的求助

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jiaqi

发布时间: 2024-3-28 21:30

正文摘要:

各位老师好，本人刚开始学习Gromacs，目标是想要利用Gromacs来模拟溶液中溶质分子聚集的过程。但是模拟出来的结果有点迷茫，想请各位老师指点迷津：工作流程及细节：（1）溶质分子拓扑文件的构建（使用Sobtop创建溶 ...

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jiaqi 发表于 Post on 2024-3-29 14:35:13

sobereva 发表于 2024-3-29 03:01
图7显然是聚集了
你可以用gmx clustsize命令专门对溶质的组进行统计，从簇的数目变化、最大簇包含的分子数 ...

非常感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-3-29 03:01:53

图7显然是聚集了
你可以用gmx clustsize命令专门对溶质的组进行统计，从簇的数目变化、最大簇包含的分子数变化上就能考察聚集过程

图8看起来分散是因为跨盒子了。VMD里要求把周期镜像显示出来就显得完整了

只要模拟的轨迹是正确的，算出来的rdf就没有什么正确与否，什么设置就得到什么样的rdf，完全up to you

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