在利用手搓的错配结构进行gmx MD 时，经过能量最小化后结构会散架，由于我的MD经验不足，暂无法解决，推测散架是因为结构原因，所以换了一个建模错配DNA的方式。
http://web.x3dna.org/,研究的过程中，发现了这个网站，用它进行规范DNA建模，然后点击“[Use this structure for mutation]”，选择想要突变的碱基，就可以得到想要的错配DNA的pdb文件。在生成top文件之前，需要将pdb中，两个5‘端的P，O，O删除，因为力场文件无法识别。（我不太清楚删除P，O，O这一步对不对，我认为网站建模没有识别出5’端，而是把端碱基当作中间碱基，所以需要手动删除P，O，O。）进行MD后，DNA结构都是完整的。（也证实了前面的结构散架确实因为初始结构的原因）